Bacterias
Las bacterias son organismos que estén presentes en prácticamente todos los ambientes del planeta. Diferentes estudios en ecología microbiana se han centrado en la investigación de especies bacterianas que pudieran servir como bioindicadores, ya que existe evidencia sólida de la asociación de calidad ambiental y los cambios en la diversidad de las comunidades bacterianas. De esta forma, el tipo y número de microorganismos en los ecosistemas dependerán de las características y condiciones ambientales, cuyas modificaciones pueden inhibir o estimular el crecimiento de microorganismos (Fortunato et al., 2013).
Algunas especies de bacterias (p.e.j. Escherichia coli, Streptococcus sp., Pseudomonas sp., coliformes) han sido principalmente utilizadas como indicadoras de desechos domésticos (heces fecales de humanos y animales) (Sumampouw and Risjani, 2014). Sin embargo, algunas otras especies como Thiobacillus sp. se han relacionado con la presencia de mercurio (Hg) en ambientes marinos, por lo que pueden ser utilizadas como indicadoras de contaminación por metales pesados. Algunos estudios también han encontrado que bacterias como Chormatium sp. son bioindicadoras de contaminación por petróleo crudo (Essein y Antai, 2009), mientras que la presencia de la especie Bacillus subtilis está asociada con la existencia de pentaclorofenol (compuestos utilizados como plaguicidas y desinfectantes) (Ayude. et al. 2009).